株券の電子化の際に移行の手続きをしなかった株式（いわゆるタンス株）や単元未満株（最低売買単位である1 単元の株数に満たない株式）については、証券会社ではなく株式発行会社の「特別口座」（※）で管理がされているため、証券会社からの「取引残高報告書」などからは判明しません。
この場合、株式会社証券保管振替機構に対して「登録済加入者情報開示請求」を行い、特別口座を管理している信託銀行等を特定したうえで、当該信託銀行等に対して、残高証明書を請求します。
なお、特別口座の存在は、株主となっている会社からの株主総会招集通知が届くことや配当の支払通知書等の情報などから判明するケースもあります。
（※） 特別口座とは、株券の電子化（平成21年1月5日株式等決済合理化法により実施）に伴い、株式会社証券保管振替機構に預託していない株や単元未満株を管理するために、株式発行会社が、信託銀行などの金融機関（株主名簿管理人である信託銀行など）に開設する口座です。
上場会社ではない会社の場合
上場会社ではない会社の場合、株主の情報（保有株式数など）については、当該会社のみが把握しているケースがほとんどのため、直接問い合わせをする必要があります。
その際、株式を保有していた事実を確認できる書類（原始定款・株券・株主名簿・株式譲渡契約書など）があれば、手元に準備をしておきましょう。
