遺言で「二次相続が起きた場合の財産の承継先」を指定できますか？

できません。

例えば、「○○の株式は、自分が亡くなったら妻に、妻が亡くなったら甥に相続させる」といった、二次相続の財産承継先を指定する遺言は認められません。
なぜなら、遺言では、自分が所有している財産以外について、承継先を指定することはできないからです。

つまり、本人に相続が発生して財産の所有権が本人以外に移った場合、その財産については、財産を取得した人しか遺言で承継先を決めることができません。

二次相続の承継先まで決めておきたいという場合は、家族信託の「受益者連続型信託」の利用などを検討しましょう。